6 Étude des files actives

6.1 Import des données Anohosp

# Import des données anohosp du out
iano_mco(finess = 750100042, 
         annee = 2015,
         mois = 12,
         path = '~/Documents/data/mco') -> ano

# Filtrer sur les patients chainables avec la variable cok
library(dplyr)
ano %>% filter(cok) -> ano

# File active globale établissement
distinct(ano, NOANON) %>% nrow()

6.2 File active d’une pathologie

# Codes diagnostics obésité 
string_diags = 'E66'

library(dplyr)
# position en dpdr
rsa15$rsa %>% filter(grepl(string_diags, dpdrum)) -> ob

# File active obésité globale établissement
inner_join(ano, ob, by = c('CLE_RSA')) -> patients_ob
distinct(patients_ob, NOANON) %>% nrow()

6.3 File active d’une chirurgie

# Codes actes chirurgie bariatrique
liste_actes = c('HFCA001', 'HFCC003', 'HFFC004', 'HFFA001', 'HFMA009',
                'HFMC007', 'HFKA001', 'HFKC001', 'HFKA002', 'HFMA011',
                'HFMC008', 'HFMA010', 'HFMC006', 'HFLE002', 'HFGC900',
                'HFLC900', 'HFFA011', 'HFFC018', 'HGCA009', 'HGCC027')

library(dplyr)
# acte codé activité 1 (chirurgical)
rsa15$actes %>% filter(CDCCAM %in% liste_actes, ACT == '1') -> cob

# File active chirurgie bariatrique globale établissement
inner_join(ano, cob, by = c('CLE_RSA')) -> patients_cob
distinct(patients_cob, NOANON) %>% nrow()