13 Vers la base de données avec `pmeasyr`

Constatant que chaque étude avec pmeasyr commence par un import de données, nous proposons une nouvelle approche : intégrer une fois pour toutes les données M12 dans une base de données managée et accessible avec pmeasyr. Les données en cours d’année pouvant également y être intégrées.

Nous décrivons ici l’import de données MCO 2016 dans une base de données tel qu’il est possible de le réaliser à l’aide de pmeasyr.

13.1 Connexion à une base de données

13.1.1 monetdb

dbdir <- "~/Documents/data/monetdb"
con <- MonetDBLite::src_monetdblite(dbdir)

13.1.2 SQLite

dbdir <- "~/Documents/data/sqlite/pmsi.sqlite"
con <- dplyr::src_sqlite(dbdir)

13.1.3 PostGres

con <- dplyr::src_postgres(user = "gui", password = "gui", dbname = "aphp",
                    host = "localhost", port = 5432)

13.2 Intégration en base

13.2.1 Définition des paramètres

# noyau_skeleton()
p <- noyau_pmeasyr(
  finess   = '750712184',
  mois     = 12,
  path     = '~/Documents/data/mco',
  progress = F, 
  tolower_names = T, # choix de noms de colonnes minuscules : T / F
  n_max = 1e4, # on limite la lecture a un petit nombre de lignes pour tester d'abord 
  # on importera tout dans un second temps
  lib = F) # pas de libellés de colonnes (inutile ici)

13.2.2 Exemple d’import

purrr::quietly(db_mco_out)(con,  p, annee = 2016) -> ok

ok contient toutes les sorties de l’éxécution de la fonction : vérifier qu’il n’y a pas d’erreur ou d’avertissement anormal avant de poursuivre. Ok ? Voyons ce que contient ok :

ok

Nous avons présenté la ligne pour importer les données MCO out 2016, mais il est possible de la faire pour le MCO in (db_mco_in), le SSR out (db_ssr_out), l’HAD (db_had_out), la Psy (db_psy_out) et les rsf (db_rsf_out).

Une fonction pour importer une autre table est également disponible (db_generique).

Après plusieurs imports dans la base de données, se déconnecter :

DBI::dbDisconnect(con$con)

13.3 Accéder aux données dans la base

Se reconnecter à la base en redéfinissant l’objet con.

Poursuivons l’exemple sur le mco out 2016.

13.3.1 Lister les tables dans la base

db_liste_tables(con)

13.3.2 Accéder aux tables mco out

Les lignes suivantes permettent de se connecter aux tables dans la base. Pour la suite il pourra être intéressant de lire l’aide du package dplyr.

tbl_mco(con, 16, 'rsa_rsa') # Table rsa
tbl_mco(con, 16, 'rsa_actes') # Table actes des rsa
tbl_mco(con, 16, 'rsa_diags') # Table diags des rsa (après `tdiag`)
tbl_mco(con, 16, 'rsa_um') # Table um des rsa

D’autres fonctions tbl_ssr, tbl_had, tbl_had, tbl_psy, tbl_rsf facilitent la connexion à ces “remote table”.

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