Rédiger ses imports autour d’un noyau de paramètres avec noyau_pmeasyr.

Ce post correspond au contenu de la nouvelle vignette du package.

La syntaxe initiée dans le post précédent permet de ne préciser qu’une fois les paramètres (finess, annee, mois, path). Le package intègre désormais cette syntaxe1, c’est ce qui est présenté ici.

library(pmeasyr)
library(dplyr)

1 - Définir un noyau de paramètres

p <- noyau_pmeasyr(
        finess   = '750100042',
        annee    = 2015,
        mois     = 12,
        path     = '~/Documents/data/mco',
        progress = F)

On précise avec progress = F le fait que l’on ne veut pas de barre de progression lors de la lecture des fichiers.

En partant de ces paramètres à gauche et en écrivant les appels de fonctions à droite, avec %>% et les fonctions de pmeasyr, on rend le script plus lisible, et on profite du côté “humain” de la programmation %>%.

2 - Dézipper

Par défaut la fonction adezip() dézippe la totalité des fichiers de l’archive PMSI, on pourra également effacer tous les fichiers avec adelete().

# Tout dézipper
# out
p %>% adezip(type = "out")
# in
p %>% adezip(type = "in")

3 - Importer

Syntaxe explicite

On importe toutes les tables du MCO, la syntaxe est plus concise et va de gauche à droite :

# out
p %>% irsa()     -> rsa
p %>% iano_mco() -> ano_out
p %>% iium()     -> ium
p %>% idiap()    -> diap_out
p %>% imed_mco() -> med_out
p %>% idmi_mco() -> dmi_out
p %>% ipo()      -> po_out
p %>% ileg_mco() -> leg
p %>% itra()     -> tra

# rsa type 6 : 
p %>% irsa(typi = 6) -> rsa
# rsa d'une autre année :
p %>% irsa(annee = 2016) -> rsa
# rsa d'une autre année, lire les dix premiers rsa :
p %>% irsa(annee = 2016, n_max = 10) -> rsa

# in
p %>% irum()                    -> rum
p %>% iano_mco(typano  = "in")  -> ano_in
p %>% imed_mco(typmed  = "in")  -> med_in
p %>% idmi_mco(typdmi  = "in")  -> dmi_in
p %>% idiap(typdiap = "in")     -> diap_in
p %>% ipo(typpo   = "in")       -> po_in

Importer plusieurs années avec une boucle

On dézippe et on importe les rsa de 2011 à 2015. Les rsa seront dans l’environnement R avec comme nom :

rsa_2011  rsa_2012  rsa_2013  rsa_2014  rsa_2015

p <- noyau_pmeasyr(
  finess = '750100042',
  mois   = 12,
  path = "~/Documents/data/mco",
  progress = F
)

for (i in 2011:2015){
  p %>% adezip(annee = i, type = "out", liste = "rsa")
  p %>% irsa(annee = i) -> temp
  assign(paste("rsa", i, sep = "_"), temp)
}

On peut aussi envisager un import mois par mois si besoin, ou boucler sur une liste de finess (entités géographiques).

Appel de fonctions

Pour l’exemple, on utilise ci-dessous sapply() à la liste des fonctions MCO out, en appelant toutes les fonctions, on crée ainsi un objet contenant toutes les tables du MCO out.

p <- noyau_pmeasyr(
        finess   = '750100042',
        annee    = 2015,
        mois     = 12,
        path     = '~/Documents/data/mco',
        progress = F)

# On liste les fonctions MCO du package :
fout <- c('irsa', 'iano_mco', 'iium', 'idiap', 'imed_mco', 'idmi_mco', 'ipo', 'ileg_mco', 'itra')

sapply(fout, function(f)get(f)(p)) -> liste_tables_mco_out
# Les tables ont le noms des fonctions : 
names(liste_tables_mco_out)
irsa iano_mco iium idiap imed_mco idmi_mco ipo ileg_mco itra

# enlever les i des noms des tables
names(liste_tables_mco_out) <- substr(names(liste_tables_mco_out),2, nchar(names(liste_tables_mco_out)))
rsa ano_mco ium diap med_mco dmi_mco po leg_mco tra

4 - Sauvegarde (~ library Rds)

On sauvegarde cet objet R, contenant toutes les tables du out MCO dans un fichier .rds nommé 750100042.2015.12.out.rds.

# Coller des chaines de caracteres façon pipe
`%+%` <- function(x,y){paste0(x,y)}

dir.create(p$path %+% '/tables')

Le répertoire suivant est créé :

'~/Documents/data/mco/tables/'

nom <- p$finess %+% '.' %+% p$annee %+% '.' %+% p$mois %+% '.' %+% 'out' %+% '.' %+% 'rds'
saveRDS(liste_tables_mco_out, p$path %+% '/tables/' %+% nom)

Le fichier rds se nomme :

750100042.2015.12.out.rds

5 - Effacer

On a importé toutes les données, on peut effacer les fichiers dézippés qui prennent de la place inutilement sur le disque.

# Tout effacer sauf les zip : 
p %>%  adelete()

6 - Relire les tables sauvegardées en rds

Avec le noyau de paramètres p défini tout en haut de cette page, on a les éléments nécessaires pour reconstruire le nom du fichier : 750100042.2015.12.out.rds :

# Coller des chaines de caracteres façon pipe
`%+%` <- function(x,y){paste0(x,y)}

# Le fichier se nomme : 750100042.2015.12.out.rds
nom <- p$finess %+% '.' %+% p$annee %+% '.' %+% p$mois %+% '.' %+% 'out' %+% '.' %+% 'rds'
readRDS(p$path %+% '/tables/' %+% nom) -> mydata

View(mydata$rsa$rsa)
View(mydata$rsa$actes)

View(mydata$leg_mco)

Les données sont de nouveau dans l’environnement R.

  1. La syntaxe standard f(finess, annee, mois, path) est toujours valide ↩