Sujet introductif

Bienvenue, ce blog rassemble les informations autour du package R pmeasyr.

Le package est hébergé sur le Github de l’Information Médicale AP-HP
Un livret numérique présente le package et son utilisation
Ce livret est aussi disponible au format pdf
Le manuel pdf avec l’aide pour toutes les fonctions du package

pmeasyr permet d’importer les données du PMSI dans R, il est alors possible de les analyser (en utilisant dplyr par exemple).

Un exemple de traitement en MCO

library(pmeasyr)
# Import des rsa, des passages um, des diagnostics associés et des actes
tables_rsa <- irsa(finess = '750712184', # Finess de l'établissement
                   annee  = 2016, # Année pmsi
                   mois   = 12, # Mois pmsi
                   path   = '~/Documents/data/mco', # Localisation du fichier .rsa
                   typi   = 4 # Type d'import, plusieurs possibles
)

# Filtrer sur les séjours (table rsa) avec : 
# - un GHM chirurgical et
# - un diagnostic principal "fracture du fémur" (S720).
library(dplyr)
tables_rsa$rsa %>% filter(RSATYPE == 'C', DP == 'S720')

# Filtrer sur les actes (table actes) avec un acte regroupé acte de chirurgie (activité ccam 1)
library(dplyr)
tables_rsa$actes %>% filter(ACT == '1')

# Séjours passés en Soins intensifs hémato (table unité médicale, type d'autorisation 16)
library(dplyr)
tables_rsa$rsa_um %>% filter(grepl('16', TYPAUT1))

Pour plus d’exemples sur le MCO et sur les autres champs¹ SSR, HAD, PSY et RSF, consulter le livret en ligne.

Champs PMSI :
- MCO : Médecine Chirurgie Obstétrique
- SSR : Soins de Suite et de Réadaptation
- HAD : Hospitalisation À Domicile
- PSY : Psychiatrie
- RSF : Résumés Standardisés de Financement (Rafael)
↩